Sus comienzos tienen su origen el 29-02-1856, en el gobierno de Manuel Montt (Decreto 456), con la creación de La Escuela Elemental de Niñas Nº 02, dirigida por la Preceptora  Doña Elisa Zappetti. Las alumnas recibían una preparación acabada en lectura, historia, aritmética y bordado. 

El Colegio ha renovado su nombre en varias oportunidades, desde Escuela de Señoritas, luego Escuela Modelo, Escuela N° 2, Escuela D- 418 y el 22 de Octubre de 1993, mediante Decreto Exento 557, y por disposición del Consejo de Profesores, la Escuela paso a llevar el nombre de “Colegio Isabel La Católica”, en honor a la Reina Isabel de España. 

La actual ubicación del establecimiento data del año 1891, durante el gobierno de José Manuel Balmaceda. Desde el 01 de marzo del 2013, el Colegio es dirigido actualmente por el Sr. Manuel Guiñez Cisternas mediante la ADP.